663
德国，尤其是法兰克福继意大利之后成为最繁忙的书籍出版地。法兰克福的出版界从1598年开始，每半年发行一次出版目录。文艺社团鼓励诗歌和戏剧的创作，但文学作品受到国家和教会检查的抑制。路德教、加尔文教和天主教各教派的领袖们同意，凡有损于政府、官定信仰及公共道德的作品应予禁止。说起来也奇怪，被新教当局查禁的书籍总数超过被罗马教会查禁的书籍总数。
667
1555年的奥格斯堡会议用“谁的领域，谁的宗教”的原则将宗教上的纷争带回一个地理上的停战——每个小邦中统治者的宗教信仰，将成为其臣民的宗教信仰，异教分子将被驱逐出境。这个协定代表一个小小的进步，因为它用迁出代替了死刑，但是它仅限于路德教派和天主教，而且很多家庭痛苦地离去，更增加了德国境内的混乱和苦难。当统治者的信仰发生改变时，人民也必须随之改变他们的信仰。宗教至此已变成政治和战争上的工具和牺牲者。
668
“三十年战争”之前的德国没有一个单纯的宗教地图。大体言之，北方是信仰新教的，南方和菜茵河以西地区是信仰天主教的。由于奥格斯堡原则不能彻底或迅速地实施，天主教地区中有很多新教徒，而新教地区中也有很多天主教徒。天主教徒得享传统和统一之利，新教徒则享受更多信仰上的自由，他们分成路德、加尔文、再洗礼和唯一神教各派的信徒，即使在路德派信徒中又有自由梅兰希顿的信徒和反对者之间的教义战争。
路德派信徒和加尔文派信徒之间的搏斗，和新教徒与天主教徒之间的搏斗同样尖锐，它摧毁了“三十年战争”中新教徒之间的合作，因为两派交替地成为迫害者和被迫害者，使他们之间有一种世代的仇恨。
670
彼得·卡尼修斯——此项耶稣会运动的首脑和灵魂——几乎步行走遍了德国全境，广设学院，指导耶稣会教士辩论，并且向德国的统治者们解释这种旧教的好处。他怂恿公爵阿尔伯特五世，以武力根除巴伐利亚境内一切新教。经过耶稣会教士、卡普辛教会本身改革、主教们的热心及历任教皇和教皇使节们的外交手腕，16世纪前半叶被新教所赢得土地中的一半，在16世纪的后半叶又被罗马教廷收复。某些地区曾使用高压手段，但这一运动大部分依靠心理和政治的因素：民众已经厌倦了不定、争辩和宿命论，他们的统治者则认为统一和传统的天主教比扰攘纷争、新奇无根的新教更能给予政府和社会秩序强有力的支持。
新教徒终于了解到他们内部的纷争无异于自取灭亡，因而将布道和笔锋一起转向罗马敌人。一场语言和文字的论战，成为铁血战争的前奏，而互相的谩骂几乎达到嗜杀的疯狂。
678
的确，华伦斯坦可能当时正孕育着一个结束封建君权、将全德国联合成一强有力国家的想法，就像当时法国黎塞留、240年以后的俾斯麦（Bismarck）将在德国实行的一样。
681
宗教虽然只是这些领袖一个次要的动机，却是人民之间一个热切的刺激，通过将宗教热情加诸爱国精神中，唤起人民的斗志。
687
“三十年战争”期间德国人口锐减，虽然人口减少是暂时的，而且程度也被夸张，但仍是一场大劫。保守的估计认为，德国和奥地利境内的人口由2100万降至1350万。卢特朱（Lützow）伯爵估计波希米亚境内的人口从300万降至80万。1618年，波希米亚境内的3.5万个村落中有2.9万个在“三十年战争”中变得荒无人烟。神圣罗马帝国全境数以百计的村落变成空无一人。有些地区纵横60英里看不到一个村庄和房屋。1618年，19座图林吉安(Thuringian）村庄中共有房屋1717间，1649年时仅剩下627间，而且很多无人居住。
689
《威斯特伐利亚和约》终于在1648年10月24日，分别于芒斯特和奥斯纳布律两地签订。消息传至前线，流血战斗延续了9天，谦卑和快乐的赞美诗从千百座村庄和城镇中升起。
现在已经去世的黎塞留的愿望达到了，他的愿望包括打破哈布斯堡王朝的势力，扩张法国的疆域，加强法国的统一和防御以及继续保持德国境内的混乱：各邦主与神圣罗马皇帝的冲突，北德新教和南德旧教的对立。这种纷乱可以免除法国面对一个统一德国的危险。法国已经取代了西班牙——波旁王朝已经代替了哈布斯堡王朝——成为欧洲主要的强国。不久，路易十四就要自比为太阳之王了。
这次战争中暗中受害的是天主教。罗马教廷必须放弃教产复原的命令，回到1624年的财产状况，而且每邦邦主再度有权决定其臣民的宗教信仰，然而，这次战争使教廷得以把新教从胡斯改革宗教的地方——波希米亚——驱除出去。反宗教改革运动受到了抑制，举例言之，波兰现在想在实力较前倍增的新教国家瑞典境内建立天主教是绝对办不到的事情。芒斯特的教皇使者拒绝签署这个条约，教皇英诺森十世描述这个条约是：“无效的、错误的，对过去、现在和未来没有一点影响和结果的。”（1648年11月20日）欧洲并不重视这个抗议。从那时起，教皇已不再是一个主要的政治力量，而宗教在欧洲也衰落了。
692
新教虽然得救了，但它和天主教同样受到怀疑主义的伤害，而粗鲁的宗教辩论、野蛮的战争和残酷的信仰，助长了这种怀疑主义。在“三十年战争”这个大屠杀期间，数千名“女巫”被处死。人们开始对那些满嘴基督仁爱而专行大规模兄弟相煎勾当的教派产生了怀疑。他们发现隐藏在宗教信条之下的，是政治和经济上的动机，因而怀疑他们的统治者并没有真正的宗教信仰，有的只是权力的欲望。虽然斐迪南二世曾一再为他的信仰而不顾他的权力。即使在这段最黑暗的时期，仍有日渐增加的人转向科学和哲学中去探索人生的答案，这答案不像各教派曾经如此强暴推行的那样充满血腥之味。伽利略正将哥白尼在科学上的革命戏剧化，笛卡儿正对一切的传统和权威发出质疑，布鲁诺正从火刑柱上的极度痛苦之中向欧洲大声疾呼。《威斯特伐利亚和约》终止了神学对欧洲心智的统治，而为理性实验留下一条虽然障碍重重，然而可能通过的道路。
693
宗教必须经历出生和死亡的过程，迷信却是永恒的。只有幸运的人才能脱离神话而生活，多数人受到身体和灵魂的痛苦，而最微妙的解痛药便是超自然的一剂。甚至连开普勒和牛顿都把科学和神话混在一起。开普勒相信巫术，而牛顿在科学方面的著作远比《启示录》方面的少。
697
然而这种狂热渐渐衰退。1632年以后，当“三十年战争”公开转变为政治的战争，宗教在人类的仇恨中不再占有那么重要的地位。印刷术流传了，书本增加了，学校恢复了，新的大学开始创立。耐心的学者为渐起的知识宝塔加上了一块块石头，而好奇的人们在数以百计的城市中开始以实验来验证各种假说。慢慢地超自然的领域缩小了，自然和世俗的领域日渐扩长。那是一段枯燥的、不具人格的、残缺不全的历史，也是现代最伟大的一出戏剧。
698
知识传播的第一功臣是使知识心心相传、代代相续的印刷者和出版家。
703
在天主教和加尔文教派的国家，教育由教职人员控制。在英国和路德教派地区则多半由受制于国家的教士们管理。除了帕多瓦外，几乎所有大学都要求老师和学生信仰官方的宗教，学术自由也由国家和教会严密限制。宗教的不同使各大学不具备丝毫的国际色彩，西班牙学生局限在西班牙，英国学生不能进入巴黎大学。原创性的思想逐渐从大学中消失，却转向私立学院或个别研究。
因此，当时私立学院在学习和研究不受检查的情况下兴盛起来，尤其以科学方面为甚。
704
首先科学工具是必需的。在眼睛看得不够清楚、不够远、不够细致，肉体不能正确感觉出物体的压力、温度和重量，心灵无法测出空间、时间、质、量和密度的情况下，我们需要显微镜、望远镜、气压计、温度计、比重计、更好的表、精细的天平，它们一一出现。
705
伽利略的学生托里切利（Torriceli）封闭长玻璃管的一端，注满水银，把开口的另一端浸入水银碟中立起，发现管中的水银并不流入碟中。学术物理解释这种现象是由于“自然真空”，托里切利解释这是周围大气对碟中水银的压力所致。他推断这种外在的压力会使容器中的水银升入没有空气的空管中，实验证明他是对的。他显示了管中水银高度的变化可以用来测量大气压力的变化，他于1643年制成了第一支气压计——至今仍是气象学上的基本工具。
有了这些新工具，科学还有待数学家改良计算、测量和符号表记的方法。
706
现在数学不仅是一切科学上必要的工具，也是一切科学的目标。开普勒认为心智离开量的领域，就会在黑暗和怀疑中游荡。
笛卡儿和斯宾诺莎都渴望把形而上学变成数学的形式。
现在科学开始从它的哲学母亲的胎盘中解放自己，它将亚里士多德从背上摔开，把目光从形而上学转向大自然，发展出自己的特殊方法，而且致力于改良地球上人类的生活。这一运动属于理性时代的核心，但它并不只注重“纯理性”——脱离经验和实验的理性。这种理性往往织出神秘的网。现在理性如同传统和权威一般，也要接受事实的研究和记录的考验。无论“理则学”是怎样的说法，科学只接受能够测定数量、能以数字表达、能以实验证明的东西。
709
这些“自然科学”对改良工业生产和战争杀戮都有其贡献。技术人员把液体、气体的动作和压力、力的组成、钟摆定律、投射过程、金属提炼等新知识应用到实际事务中。
机械发明随着工业的增长而增多，因为这类发明往往归功于想要节省时间的工匠技术，而非科学家的研究，所以我们1578年首次听说螺旋车床，1589年首次听说纺织框架，1597年听说旋转舞台，1636年听说脱谷机和自来水笔。
712
动物学的落后部分应归因于只有少数思想家认为动物是人类的祖先。1632年，伽利略写信给托斯卡纳大公爵：“虽然人与其他动物的分别很大，但我们可以合理地说，那种差别比起人与人之间的差别也大不了多少。”
713
在征服知识的战争中，最重要的一仗便是生与死的对抗——那是一场个体永远输、集体永远赢的战役。在对抗疾病与痛苦方面也遭遇许多人为的阻挠：个人的不洁、公共的污秽、恶臭的监狱、身怀神奇药水的庸医、“科学”的神秘主义者、放疝者、融化结石者、拔牙者、业余验尿者，等等。新的疾病也和新疗法竞相出现。
718
之后的事实证明蒂丘搬到布拉格对于科学而言是一大福音，因为开普勒就在该处继承了他的观察所得，而且由此演绎出牛顿赖以形成万有引力论的行星法则。由蒂丘到开普勒，再到牛顿，以及由哥白尼最后到伽利略和牛顿，这是现代天文学的基本师承线。
721
在天文史上，他（开普勒）是介于哥白尼与牛顿之间的桥梁。他比哥白尼更进一步，以椭圆轨道代替圆形，舍弃离心圆和圆外弧形运转之说，又认为太阳不是圆心而是圆的焦点。他的这些修正，澄清了地动说许多疑难费解之处，而那些疑点险些证明蒂丘·布拉赫舍弃哥白尼系统的合理。太阳中心论由于他而赢得迅速广泛的承认。他把聪明的臆测转换成精密数学推演构成的假说。他的行星法则，引导牛顿万有引力理论的产生。他一方面继续坚持强烈而不灭的宗教信仰，另一方面又揭示宇宙是一个法则的结构、是秩序的世界，同样的法则统治着地球和星辰。“我的愿望，”他说，“是看到无所不在的上帝能和我心中的上帝合而为一。”
724
在伽利略现存的作品中，他自己从未提过“比萨实验”，另外两个同时代的人也未曾提过他的实验。维维亚尼的故事被德国和美国的某些学者视为传奇而不予采信。有关比萨哲学家们的愤恨的传说也不甚可靠。
725
伽利略把望远镜改良到能将物体放大1000倍。将此镜转向天空，他惊讶地发现一个新的星辰世界，比以往目录所列的多出10倍。现在人们可以看见群星座，其中包含很多肉眼看不见的星星。昴宿星团有36颗星而不是7颗，猎户星座有80颗星而非37颗，银河看起来不再是模糊的一团，而是大大小小的星群。月亮表面不再是平滑的，而有着山与谷的刻痕，此外它未受太阳照耀那一半的模糊光辉是地球反射阳光的结果。1610年1月，伽利略发现9个“月亮”中的4个，或者说是“卫星”，他写道：“这些新星围绕着另一个非常大的星球运转，就像水星和金星或其他已知的行星绕太阳运行一般。”7月，他发现土星环，却误认为是3颗星星。哥白尼的批评者争论说，金星若环绕太阳运转，便应像月亮一般显出盈亏——改变光辉和表面形状。他们坚持没有这种改变的征兆。但那年12月，伽利略的望远镜显露了这种盈亏，他相信只有行星环绕太阳才可以解释这个现象。
726
他（伽利略）坚持要有哲学家和数学家的头衔，因为他希望同时影响哲学和科学。他和拉莫斯、布鲁诺、泰莱西奥等人感觉的及培根在同一个时代主张的一样，认为哲学（据他了解哲学是对自然各个方面的研究和诠释）已在亚里士多德膝上睡着了，而且现在已到了逃避那40本希腊巨册，用较宽的范畴、开放的心灵和眼睛去观察世界的时候了。
728
查你的论点，希望这些能有助于真理的阐明。”很多神学家认为哥白尼天文学显然与《圣经》不能两立，如果此论流传，《圣经》便会失去权威，而基督教本身也会受害。如果这个地球现在失去它的首要地位和尊严，在比它大许多倍的行星及无数星辰中游离，那么上帝选择地球为人类居所的基督教基本信仰，会遭到什么样的命运呢？
734
他（伽利略）当然也有智慧和性格方面的缺陷，他的缺点——骄傲、坏脾气、虚荣——是他的恒心、勇气和创造性的瑕疵或代价。他并不承认开普勒的行星轨道计算有何重要性，他不大相信同时代的作品，他几乎不知道他的很多机械发现是前人已做过的——有些是另一位佛罗伦萨人达·芬奇所做。使他受罚的很多观点与现代天文学家所持的并不完全相符。他像大多数殉道者一样为犯错的权利而受苦。但他感觉自己使动力学成为成熟的科学，感觉自己空前揭露了惊人巨大的宇宙，拓宽了人类心灵和眼界，这是不错的。他与开普勒共同承认哥白尼，也与牛顿共同展示了天空法则。而且如同一个典型的文艺复兴之子，他写出了当时最好的意大利散文。
他的影响遍及欧洲。他的被控提高了科学在北部各国的地位，却暂时在意大利和西班牙受阻。宗教裁判所并未毁灭意大利科学：托里切利、卡西尼、波雷利、雷迪、马尔皮吉、莫加格尼把“火炬”传给伏特、加尔瓦尼和马可尼。意大利哲学家记取伽利略留下的教训，避免科学和哲学牵连在一起。在布鲁诺被焚和笛卡儿被伽利略命运恫吓之后，欧洲哲学便为基督教垄断。
1835年，教会把伽利略作品撤出禁书目录。这个颓丧的、被击败的人终于胜过了历史上最强大的机构。
735
在民族国家、经济力、政党和各种宗教信仰的冲突下，现代欧洲历史的主要戏剧逐渐成形：一个伟大宗教面临科学、宗教意识、享乐主义、哲学的包围和腐蚀而为生命奋斗的过程。基督教正面临死亡吗？难道这个给予西方文明道德、勇气和艺术的宗教正因为知识的传播，天文、地理和历史范围的拓宽，历史和灵魂中罪恶的觉醒，来生信念的衰微及不再信任这个世界仁慈的指导等原因而逐渐没落？如果这样，那便是近代最具影响力的大事，因为文明的灵魂是它的宗教，而它是随信仰俱亡的。对布鲁诺和笛卡儿、托马斯·霍布斯和斯宾诺莎、帕斯卡和贝尔、霍尔巴赫和爱尔维修、伏尔泰和大卫·休谟、莱布尼茨和康德而言，信仰已不再是天主教与新教对立的问题，而是基督教本身的问题，是对于古代教条最珍贵的基本法则发生怀疑与否定的问题。欧洲思想家——欧洲心灵的先锋——不再讨论教皇的权威，他们开始辩论上帝的存在。
许多因素造成信仰的丧失。个人判断的原则被天主教教会指责为教规和道德混乱的根源，却为几乎所有新教教体公布、认可然后才加以指责。此时，它已不知不觉破坏了信仰的城堡。渐增的教派就像过多的子孙一样互相争战，揭露彼此的弱点，使信仰裸呈在理性主义者的狂风中。他们在战役中纷纷引用《圣经》和理性来支持自己。《圣经》的研究使人民对其意义和可靠性产生怀疑，理性的呼吁结束了“信仰时代”。新教改革的成就远超过它原有的期望。对《圣经》的批判和攻击尤其损坏了一个自身即建立在神赋《圣经》之上的新教主义。社会秩序和人类安全的改善降低了恐惧与残酷。人类觉得有必要与上帝重新建立一种更友善的关系，而不是如圣保罗和圣奥古斯丁、罗耀拉和加尔文之间一般。
知识阶级很难相信奇迹，文盲却以神迹为荣。
743
布鲁诺的宇宙观基本上属于美学的，是对放出万丈光芒的无限宇宙表现出的一种深刻而充满惊讶的欣赏，但它也是一种企图使人的思想适应大宇宙的哲学尝试。在这个宇宙中，我们的行星只是不可知无尽空间中的极小部分。地球不是世界的中心，太阳也不是。在我们能见的世界（布鲁诺写作时尚无望远镜）之外还有其他的世界（正如不久以后望远镜显示的），而在这其他世界之外，又有其他的世界（正如更好的望远镜显示的），如此直到无限。我们既无法设想一个结束，也无法设想开端。“固定的”星辰并不像哥白尼所想的是固定的，它们不断改变位置，即使在天上，一切也是移动的。空间、时间和动作都是相对的。没有中心，没有范围，没有上下。同一运转从不同的地方或星球看来就有差异。时间既是运动的测量标准也是相对的。也许很多星球上都有活的、有智慧的生命存在。基督也曾为他们受难吗？
746
1598年12月，他获准使用纸和书。1599年1月14日，他再度被召。他书中的8项异端主张被提出来当着他的面宣读，他们要求他撤回那些说法。他维护自己的观点，但同意接受教皇有关那些段落所做的决定。同年2月4日，克莱门特八世和圣所会议判决那些摘录显然是异端。审讯记录没有提到布鲁诺的哥白尼天文观。异端是关于化体论和三位一体说。他获准在40天内承认他的错误。
这篇判决由9位枢机主教签署，贝拉尔米内主教也是其一。根据一位改信天主教、当时住在罗马的德国学者卡斯帕·斯齐奥皮斯的记载，布鲁诺聆听判决后曾对法官说：“也许判决我罪行的你们，比接受判决的我更为恐惧。”
2月19日，在仍无悔意的状况下，他在赤身、舌头被缚的情况下，被捆在坎波·费奥里广场一个火堆的铁柱上活活烧死。当时有一堆虔信的群众在场。布鲁诺当时52岁。1889年，就在同一地点，来自全球各地的捐款为他立了一座雕像。
750
中古政治的主要特征是教皇权高于君权。近代政治史的显著形态则是脱离教皇控制后的民族国家之间的冲突。因此在宗教改革之后的一个世纪里，动荡的政治哲学之首要问题便是天主教思想家要求恢复教皇权，而新教思想家要求彻底摧毁教皇权。教皇的辩护者认为，专制君主声言王权神授，否认一切宗教、道德和法律的约束，将使欧洲分崩离析。为宗教改革辩护的人反驳说，没有任何超国家的组织会不为它本身的权力与利益而致力于谋求人类的福祉。尤有甚者，一个高高在上的教会将扼杀一切生活与思想的自由。
755
民主只能短期治国，它常因人民的善变和民选官吏的无能、贪污而瓦解。“在每一个民众大会中，他们只计算选票的数目，从不加衡量（选票后面的思想特质）。而愚人、恶人和无知者的数目又总是千倍于有价值的人。”民主政治的补救方法是，在伪装的平等后，国家由少数人治理，让智慧的差距胜过人数的计算。
756
博丹像霍布斯一样，是一个在革命和战争变乱中力倡安定的惊弓之鸟。他的最伟大作品受了他所处时代的感染；它是一个混乱世界渴望秩序与和平的哲学。它与同时代而受惊较轻的蒙田写的典雅《散文》不能相提并论。但是，自亚里士多德以来，没有一个人——也许除了伊本·赫勒敦（Ibn Khaldun）外——曾将政治哲学传播如此之广，或以如此丰富的学识与力量来维护他的偏见。直到霍布斯出版《利维坦》（Leviathan，1651年）之前，我们找不到一个人以如此坚定的努力探求国家形态的逻辑。
757
马基雅维利曾说，国家可以不必遵守加诸公民的道德律，否则就无法保全。只要显得像是为了国家的利益，政治家就可以准备——通常是委托他人执行——随心所欲地说谎、抢劫和杀人。因为到目前为止，国家仍生存于丛林阶段，就像没有国家组织以前的家庭一般。他们不识法律，只知道自我保全的法则。
罗马法学家用这个名词是指罗马公民以外民族的法律而言。西罗马帝国解散后，中古法律学者使用这个词来表示国与国之间的关系。在格劳秀斯的作品中，它意指发达的国家在共同联系方面习惯接受的许多规则或约束。根据这两个基础——自然法则与国际法则——他建立了他的理论结构，第一部近代国际法有系统的著述。
但若为了征服，为了战利品、土地，或不管出于真心或假意，硬要将一个仁德的政府塞给一个不愿接受的民族，则这样的战争是不应该的。
761
“毁灭庙堂的大锤正是在庙中炼成的。”笛卡儿受耶稣会教育，那正是从笛卡儿经伏尔泰到勒南和安纳托尔·弗兰西等法国异教徒的起步点和磨刀石。
763
他（笛卡尔）从何处开始着手？在划时代的《方法论》（Discours de la Méthode）中，他宣布了一个初步的原则，那个原则本身就可能激起权威世界的愤怒，更何况那篇散文是用简易清晰的法文和生动的、吸引人的第一人称体裁写成的；这就包含了很多改革了！他说，他首先要摒除一切教条和学理，弃置所有权威，尤其是哲学家亚里士多德的。他从一块干净的石板开始，怀疑一切。
764
他（笛卡尔）深爱数学，尤其喜爱几何，是他的天才促成了几何的改观。在他最初的、宇宙性的怀疑后，他努力寻求一些可以像欧几里得原理一样能够广泛而迅速被接受的事实。
笛卡儿的哲学新“方法”就是把复杂的观念分析成小成分，直到不可分割的元素已成为简单、清楚、明晰的概念，而且显示所有这些基本概念都可以经过或是依靠一个有思想生命的良知而获得。也就是说，我们应该由这个主要知觉演绎出所有基本的哲学原理。
765
为了逃避这种囚禁自我的“唯我的”牢笼，笛卡儿诉诸上帝，它当然不会使我们整个知觉器官成为骗局。但是，上帝是何时走入这个怀疑一切已被接受的信仰的哲学体系中的？笛卡儿不能用外在世界的设计物来证明上帝的存在，因为他还没有显示这个世界的存在。因此，笛卡儿由熟知一切的自我引出上帝，很像600年前圣安塞姆在“实体证明”之中所做的。
“如果上帝并不真正存在，我不可能自己具有上帝的概念。”上帝若是骗子，它就不完美了。因此，我们具有清楚而明晰的概念时，它让我们的感官对我们揭露外在的世界时，它并未欺骗我们。“如果这些概念不是由具体事物而产生，我不知道它如何能免于欺骗的指责。所以我们必须容许实际物体存在。”就这样，心灵与物质、主观与客观的鸿沟都巧妙地弥合了，笛卡儿也由于上帝的帮助而成为现实主义者。科学本身——我们对逻辑的、有条理的、遵循法则的、可计算的宇宙的信仰——是合理的，正因为上帝是存在的及它不可能说谎。
随着笛卡儿，我们看出婴儿时期的“理性时代”如何因恐惧而逃避思想的冒险，企图重回温暖的信仰子宫中。《哲学的沉思》改名为《笛卡儿对首要哲学的沉思》，书中已证明上帝的存在和灵魂的不朽。该书被献给“圣洁而杰出的巴黎神学教师会会长”。
他不仅信仰公正而全能的上帝，也信仰宇宙结构中的人类自由意志及一个虽然依靠肉体却不朽的灵魂。我们虽然不得不屈服于实体世界中牢不可破的因果逻辑，意志的自由却是最清楚、最明晰、最生动、最直接的天赋概念，人尽管在抽象理论中任意想象它们，却从来不会怀疑过它们的存在。
768
笛卡儿认为，只要具有完备的知识，我们就可以把天文、物理、化学甚至生命的一切作用都化为机械法则，除了理性本身。呼吸、消化甚至感觉都是机械的。这一原理对哈维发现血液循环帮助非常大。笛卡儿很有自信地将机械观念应用在动物身上，因为他拒绝承认动物具有推理的能力。他也许是迫于宗教，不得不如此对待动物，因为他的“灵魂不朽说”是基于理性心灵的非物质特性。这是和笛卡儿推理行星轨道为环形一样可疑。这个哲学与它摒弃的中古经院哲学观念一样漏洞百出。
即或如此，他的科学论点中仍有足够使他畏惧宗教迫害的内容（如果玄学中没有的话）。虽然他宣讲正统的信仰，他的宇宙机械论仍使神迹和自由意志陷入危险的境地。他听说伽利略被判刑（1633年6月），立即放下他的《宇宙论》（LeMonde)，书中他本来计划连贯他所有科学作品和成果的。
771
笛卡儿式怀疑对法国——泛指欧洲大陆——的贡献可媲美培根对英国的贡献。它使哲学免于时间的束缚，勇敢地航向大海，即使它在笛卡儿作品中很快又回到安全而熟悉的港口，理性并未得到立即的胜利。在法国最辉煌的路易十四时代，传统和圣经仍然把持一切。那是帕斯卡和波舒哀的时代，而不是笛卡儿继承人的时代。当时荷兰正是斯宾诺莎和贝尔的年代，英国则是霍布斯和洛克的天下。种子正在萌芽了。
772
理性和信仰的“大辩论”渐以有意识的形态出现，但它的近代史才开始。回望1558年至1648年的90年间，从伊丽莎白到黎塞留，从莎士比亚到笛卡儿，我们看出这个引人的论点仍然局限在基督教的范围中，局限在以《圣经》为“圣道”的各种宗教信念中。只有少数零零散散的声音，暗示基督教本身也应该接受考验，暗示哲学应该很快摒除所有超自然信仰的形式。
773
在种种军队与教条的倾轧中，科学正努力减轻迷信与恐惧。它发明或改进显微镜、望远镜、温度计、气压计。它设计对数和小数系统，改革历法，发展解析几何。它已幻想要把一切现实化为代数方程式。蒂丘·布拉赫曾耐心地重复观察，使开普勒得以确立行星运转的法则，启迪了牛顿宇宙法则的看法。伽利略正以始无前例的大型望远镜显示了新的、更大的世界，也在宗教裁判所的大厅中演出了科学、神学之间戏剧化冲突的一幕。哲学方面，布鲁诺企图以哥白尼的名词重新孕育神祇和宇宙，终于使自己活活被烧死；培根召唤智者从事科学，为后来的世纪写出它工作的范畴；而笛卡儿怀着他对宇宙的疑惑，正给予“理性时代”另一个方针。道德与礼仪也由于信仰的变迁而定型。文学受到这个冲突的感动，哲学家的概念也在马洛、莎士比亚及约翰·多恩的诗中发出回响。与正在兴起、散播、激发、改变欧洲甚至世界心灵的信仰与理性之争比起来，所有敌对国家的战争与革命，都显得无足轻重了。
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